- สาขาวิชาการจัดการสิ่งแวดล้อม
- สาขาวิชาการจัดการทรัพยากรทะเลและชายฝั่ง
- สาขชาวิชาการจัดการท่องเที่ยวเชิงนิเวศชุมชน
- สาขาวิชาอิสลามศึกษาและมุสลิมศึกษา
- สาขาวิชาการบริหารและการจัดการการศึกษาอิสลาม
- สาขาวิชาเทคโนโลยีพอลิเมอร์
- สาขาวิชาวิธีวิทยาการวิจัยและการวิเคราะห์ข้อมูล
- สาขาวิชานวัตกรรมคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์ศึกษา
- สาขาวิชาฟิสิกส์ประยุกต์
- สาขาวิชาวิทยาศาสตร์การอาหารและโภชนาการเชิงนวัตกรรม
- สาขาวิชาเคมีประยกุต์
- สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีประมง
- สาขาวิชาชีววิทยาประยุกต์
- สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตร
- สาขาวิชาการบริหารการศึกษา (เปิดสอนวิทยาเขตหาดใหญ่)
- สาขาวิชาการบริหารการศึกษา (เปิดสอนวิทยาเขตปัตตานี)
- สาขาวิชาหลักสูตรและการสอน
- สาขาวิชาจิตวิทยา (เปิดสอนที่วิทยาเขตปัตตานีและวิทยาเขตหาดใหญ่)
- สาขาการวิจัยและประเมิน
- สาขาวิชาเทคโนโลยีนวัตกรรมเพื่อการเรียนรู้ (เปิดสอนที่วิทยาเขตหาดใหญ่)
- สาขาวิชาการสอนวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์
- สาขาวิชาเทคโนโลยีพลังงาน
- สาขาวิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์
- สาขาวิชาวิศวกรรมเคมี
- สาขาวิชาวิศวกรรมเครื่องกล
- สาขาวิชาวิศวกรรมไฟฟ้า
- สาขาวิชาวิศวกรรมโยธา
- สาขาวิชาวิศวกรรมสิ่งแวดล้อม
- สาขาวิชาวิศวกรรมเหมืองแร่และวัสดุ
- สาขาวิชาวิศวกรรมอุตสาหการและระบบ
