- สาขาวิชาการจัดการสิ่งแวดล้อม
- สาขาวิชาการจัดการทรัพยากรทะเลและชายฝั่ง
- สาขชาวิชาการจัดการท่องเที่ยวเชิงนิเวศชุมชน
- สาขาวิชาคณิตศาสตร์
- สาขาวิชาเคมี
- สาขาวิชาจุลชีววิทยา (นานาชาติ)
- สาขาวิชานิติวิทยาศาสตร์
- สาขาวิชานวัตกรรมทางวิทยาศาสตร์ศึกษา
- สาขาวิชาสถิติประยุกต์
- สาขาวิชาวัสดุศาสตร์
- สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีพอลิเมอร์
- สาขาวิชากายวิภาคศาสตร์
- สาขาวิชาเทคโนโลยีชีวภาพโมเลกุลและชีวสารสนเทศ
- สาขาวิชาชีววิทยา (นานาชาติ)
- สาขาวิชาชีวเคมี
- สาขาวิชาเภสัชวิทยา
- สาขาวิชาธรณีฟิสิกส์ (นานาชาติ)
- สาขาวิชาฟิสิกส์ (นานาชาติ)
- สาขาวิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์
- สาขาวิชาอิสลามศึกษาและมุสลิมศึกษา
- สาขาวิชาการบริหารและการจัดการการศึกษาอิสลาม
- สาขาวิชาเทคโนโลยีพอลิเมอร์
- สาขาวิชาวิธีวิทยาการวิจัยและการวิเคราะห์ข้อมูล
- สาขาวิชานวัตกรรมคณิตศาสตร์และสะเต็มศึกษา
- สาขาวิชาฟิสิกส์ประยุกต์
- สาขาวิชาวิทยาศาสตร์การอาหารและโภชนาการเชิงนวัตกรรม
- สาขาวิชาเคมีประยกุต์
- สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีประมง
- สาขาวิชาชีววิทยาประยุกต์
- สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตร
- สาขาวิชาการบริหารการศึกษา (เปิดสอนวิทยาเขตหาดใหญ่)
- สาขาวิชาการบริหารการศึกษา (เปิดสอนวิทยาเขตปัตตานี)
- สาขาวิชาหลักสูตรและการสอน
- สาขาวิชาจิตวิทยา (เปิดสอนที่วิทยาเขตปัตตานีและวิทยาเขตหาดใหญ่)
- สาขาการวิจัยและประเมิน
- สาขาวิชาเทคโนโลยีนวัตกรรมเพื่อการเรียนรู้ (เปิดสอนที่วิทยาเขตหาดใหญ่)
- สาขาวิชาการสอนวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์
- สาขาวิชาเทคโนโลยีพลังงาน
- สาขาวิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์
- สาขาวิชาวิศวกรรมเคมี
- สาขาวิชาวิศวกรรมเครื่องกล
- สาขาวิชาวิศวกรรมไฟฟ้า
- สาขาวิชาวิศวกรรมโยธา
- สาขาวิชาวิศวกรรมสิ่งแวดล้อม
- สาขาวิชาวิศวกรรมเหมืองแร่และวัสดุ
- สาขาวิชาวิศวกรรมอุตสาหการและระบบ
